一、兩者的關鍵性質差別（影響色譜行為的要點）

極性/溶解與質子性：MeOH是質子性（能做H?鍵供體/受體）的溶劑，ACN是近似無質子的極性且為弱H?鍵受體的溶劑。質子性使MeOH與溶質、硅膠殘基（silanol）作用更強，改變選擇性與峰形。

疏水性/洗脫強度：在常見反相體系中，乙腈的“洗脫力”通常比甲醇強（即同等%有機相下ACN常把組分洗出得更快），但具體也依賴溶質化學性質（非絕對）。

粘度與系統壓降：MeOH–水混合物粘度較高，尤其低溫或高含水時；ACN–水體系粘度低，導致更低的柱后壓降，可用更高流速或更小粒徑柱而不超壓。

UV截斷（檢測器兼容）：ACN在低波長處吸光更小（約190 nm），MeOH的UV截斷波長較高（約205 nm），若在低波長檢測（<210 nm），ACN更有利。

揮發性/LC–MS兼容性：兩者都是易揮發的有機相，均可用于LC–MS，但ACN通常更利于氣相化與霧化（更易脫溶），常給出更高的ESI靈敏度和更窄的峰形（但具體也和溶質有關）。

與緩沖鹽的相容性：高有機含量（尤其ACN）時某些非揮發性鹽會析出；但一般LC–MS時優先用揮發性鹽（甲酸、乙酸、揮發性銨鹽）。

安全與經濟：兩者皆有毒且易燃，ACN價格通常高于MeOH；兩者處理與存儲注意事項類似。

二、對色譜分離與峰形的具體影響

選擇性（分配差異）：MeOH的H?鍵能力會改變與分析物的相互作用，常與ACN給出不同的保留順序或分辨率——有時ACN能把某些共洗脫物分開，反之亦然。

峰寬/形狀：ACN因低粘度和較弱H?鍵作用，常給更窄、更對稱的峰；MeOH在某些情況下會導致峰展寬或拖尾（尤其對強極性/帶電分子）。

梯度設計差異：因洗脫力不同，同樣的梯度%（例如5→95%）在ACN與MeOH下等效效果不同。若把方法從ACN改到MeOH，需重校梯度時間/范圍。

對帶電分子的影響：MeOH常加強與硅醇的相互作用，導致堿性化合物可能更多拖尾；可通過添加酸/胺或選擇端羥基封端的柱來改善。

三、對LC–MS的特殊影響

離子化效率：ACN常帶來更好的離子化與信號穩定性（更好脫溶），因此在LC–MS方法中ACN通常優選；但某些化合物在MeOH中給出更高離子化（尤其極性小分子），需具體試驗。

質譜圖差異：溶劑可影響產生的加合離子（如Na+、K+、溶劑簇）和多電荷分布（肽類在MeOH中有時出現不同電荷態）。

背景/噪聲：非揮發性緩沖與高有機會堵塞MS源，選擇ACN/MeOH與合適緩沖時需警惕。

四、實用選擇建議（快速決策指南）

優先用ACN的情況：

需要低系統壓降或想用較高流速／UHPLC的小粒徑柱；

需要在低波長UV檢測或追求更窄峰與更高分辨率；

LC–MS常規方法首選（通常更好離子化和靈敏度）；

當當前MeOH方法峰展寬或分辨率不足時，嘗試ACN可改善。

優先用MeOH的情況：

想改變選擇性解決共洗脫問題（有時MeOH能分出ACN分不開的峰）；

成本或短期ACN短缺時的替代（注意需重建方法）；

某些特定化合物在MeOH中有更好響應或更好保留行為；

在某些正相/親水作用色譜條件或與特定緩沖時，MeOH更合適。

方法遷移時注意：

不可直接一比一替換溶劑，需重測保留時間、梯度和再平衡時間；

因粘度差異，可能需調流速或升溫以控制壓降；

對LC–MS監測靈敏度、加合峰、背景噪聲也要比較。

五、常見問題及排查提示

從ACN轉MeOH后保留顯著增加或峰展寬：嘗試縮短梯度或降低起始%有機相，或升高柱溫以降低粘度并改善擴散。

后壓升高/系統壓降問題：優先考慮用ACN或升溫，檢查溶劑過濾與色譜柱連接。

LC–MS靈敏度下降或基線雜亂：比較兩種溶劑下MS信號與背景，確認緩沖是否揮發且無析鹽。

峰形拖尾（堿性化合物）：加少量酸（如0.1%甲酸）或用胺修飾流動相/柱；也可嘗試用ACN看是否改善。

六、舉例（便于記憶）

肽分析（LC–MS）常用ACN + 0.1%甲酸，長梯度（更窄峰、好脫溶）。

糖類或極性高沸物在ELSD檢測時有時用MeOH以改變選擇性或響應；但若需低UV波長/高流速常選ACN。

當目標是在不同系統間遷方法（不同dwell volume）且想要最低柱壓，優先用ACN并按柱體積尺度縮放梯度。

總結 甲醇與乙腈并非“哪個更好”的單一答案，而是“以目標分析物的化學性質、檢測器（UV/ELSD/LC–MS）、柱與儀器限制（壓降/流速）、以及所需選擇性為準”來選擇。一般經驗：ACN常作為快速、低壓、LC–MS友好的首選；MeOH作為改變選擇性或在特定化合物上有利的替代。開發方法時建議對目標樣品同時做ACN與MeOH的小規模比較，確定最佳流動相并據此調整梯度與溫度